Mapa Mimulus - Passo3
Cristiane Taniguti, Fernando Correr, Fernando Espolador, Johnathan Pedroso
Maio de 2017
- 1 Carregando os dados
- 2 Reunindo as informações dos grupos construídos anteriormente
- 3 Agrupando os marcadores com desvios na segregação com cada grupo
- 4 Verificando a presença de marcadores antigos dentro de cada grupo formado
- 5 Verificando se houveram marcadores com desvio na segregação que agruparam em mais de um grupo
- 6 Reconstruindo os grupos para o novo conjunto de dados
- 7 Adicionando os marcadores com desvios na segregação com HMM
- 8 Novo mapa
- 9 Função Kosambi para obter distância em cM
- 10 Preparando arquivo para desenho do mapa no MapChart
- 11 Total de marcadores no mapa
Aqui usaremos as informações dos grupos já montados nos passos anteriores e tentaremos encaixar os marcadores com desvios na segregação, os quais foram separados no primeiro passo. Para mais informações acesse a página principal).
1 Carregando os dados
library(onemap)
data1 <- read_mapmaker(file = "data_with_head.raw")
data_seg2 <- read_mapmaker(file = "data_with_distorted_2.raw")
ref <- read.csv(file = "LG.csv", stringsAsFactors = FALSE)
data <- combine_onemap(data1, data_seg2)
LOD1 <- suggest_lod(data)
rf2points1 <- rf_2pts(data, LOD = LOD1, max.rf = 0.5)
seg <- c(357:418) A função ‘combine_onemap’ concatena os conjuntos de dados de forma que os últimos marcadores do arquivo serão todos pertencentes ao segundo arquivo, ou seja, os marcadores com desvio na segregação esperada. Utilizamos esse função ao invés do arquivo original ‘m_feb06.raw’ principalmente pela vantagem de inserir outros marcadores sem alterar a numeração dos marcadores já estabelecidos no mapa.
2 Reunindo as informações dos grupos construídos anteriormente
mapa1 <- list()
load(file = "LG1.trash1.Rdata")
mapa1[[1]] <- LG1.trash1
load(file = "LG2.Rdata")
mapa1[[2]] <- LG2
load(file = "LG3.3.Rdata")
mapa1[[3]] <- LG3.3
load(file = "LG4.Rdata")
mapa1[[4]] <- LG4
load(file = "LG5.Rdata")
mapa1[[5]] <- LG5.ord.seq
load(file = "LG6.Rdata")
mapa1[[6]] <- LG6.ord.seq
load(file = "LG3.1.Rdata")
mapa1[[7]] <- LG3.1
load(file = "LG7.Rdata")
mapa1[[8]] <- LG7.ord.seq
load(file = "LG8.Rdata")
mapa1[[9]] <- LG8.ord.seq
load(file = "LG3.2.Rdata")
mapa1[[10]] <- LG3.2
load(file = "LG10.Rdata")
mapa1[[11]] <- LG10.ord.seq
load(file = "LG11.Rdata")
mapa1[[12]] <- LG11.ord.seq
load(file = "LG12.Rdata")
mapa1[[13]] <- LG12.ord.seq
load(file = "LG14.trash1.Rdata")
mapa1[[14]] <- LG14.trash1
save(mapa1, file = "mapa1.Rdata")3 Agrupando os marcadores com desvios na segregação com cada grupo
LGs <- seq_data <- list()
for (i in 1:14){
seq_data[[i]] <- make_seq(rf2points1, c(mapa1[[i]]$seq.num, seg))
LGs[[i]] <- group(seq_data[[i]], LOD= LOD1, max.rf = 0.3)
}4 Verificando a presença de marcadores antigos dentro de cada grupo formado
LGs_1 <- comp_LGs_1<- list()
for (i in 1:14){
LGs_1[[i]] <- make_seq(LGs[[i]], 1)
comp_LGs_1[[i]] <- colnames(data$geno)[LGs_1[[i]]$seq.num] %in% ref[,i]
}
comp_LGs_1## [[1]]
## [1] FALSE TRUE FALSE TRUE TRUE FALSE TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE
## [12] FALSE TRUE TRUE FALSE TRUE TRUE FALSE
##
## [[2]]
## [1] TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE
## [12] TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE TRUE FALSE TRUE
##
## [[3]]
## [1] FALSE FALSE FALSE TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE TRUE TRUE FALSE
## [12] FALSE TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE
##
## [[4]]
## [1] FALSE TRUE TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
## [12] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE
## [23] TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE TRUE
##
## [[5]]
## [1] TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE TRUE TRUE FALSE TRUE TRUE FALSE
## [12] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE
##
## [[6]]
## [1] TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
## [12] FALSE TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE
## [23] FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE TRUE
## [34] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
##
## [[7]]
## [1] FALSE TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE TRUE TRUE TRUE FALSE
## [12] FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE TRUE FALSE
##
## [[8]]
## [1] TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE
## [12] FALSE TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE TRUE
## [23] TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE TRUE
##
## [[9]]
## [1] TRUE TRUE FALSE FALSE TRUE TRUE FALSE FALSE TRUE TRUE TRUE
## [12] FALSE TRUE FALSE FALSE TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE
## [23] TRUE
##
## [[10]]
## [1] TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE
## [12] FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE
## [23] TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE TRUE TRUE TRUE
## [34] FALSE FALSE FALSE
##
## [[11]]
## [1] TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
## [12] FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
## [23] FALSE FALSE FALSE
##
## [[12]]
## [1] TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE TRUE FALSE
## [12] TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE
## [23] FALSE FALSE
##
## [[13]]
## [1] FALSE TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE TRUE TRUE FALSE
## [12] FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE
##
## [[14]]
## [1] TRUE FALSE TRUE TRUE FALSE TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE
## [12] FALSE FALSE TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE
## [23] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
## [34] FALSE FALSELGs_2 <- comp_LGs_2 <- list()
for (i in 1:14){
LGs_2[[i]] <- make_seq(LGs[[i]], 2)
comp_LGs_2[[i]] <- colnames(data$geno)[LGs_2[[i]]$seq.num] %in% ref[,i]
}
comp_LGs_2## [[1]]
## [1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
## [12] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
##
## [[2]]
## [1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
##
## [[3]]
## [1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
##
## [[4]]
## [1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
##
## [[5]]
## [1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
##
## [[6]]
## [1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
##
## [[7]]
## [1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
##
## [[8]]
## [1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
##
## [[9]]
## [1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
##
## [[10]]
## [1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
##
## [[11]]
## [1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
##
## [[12]]
## [1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
##
## [[13]]
## [1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
##
## [[14]]
## [1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSETodos eles estão no LG1 do novo agrupamento feito entre os grupos contruídos e os marcadores com desvios na segregação.
5 Verificando se houveram marcadores com desvio na segregação que agruparam em mais de um grupo
comp_inner.i <- list()
for (i in 1:13){
comp_inner.j <- list()
for (j in (i+1):14){
comp_inner.j[[j]] <- LGs_1[[i]]$seq.num %in% LGs_1[[j]]$seq.num
}
comp_inner.i[[i]] <- comp_inner.j
}Para que evitarmos que os marcadores agrupassem em mas que um grupo, fomos mais restringentes no agrupamento (max.rf=0.3), portanto nao houveram marcadores com desvios na segregaçao que agruparam em mais de um grupo.
6 Reconstruindo os grupos para o novo conjunto de dados
Embora o número referente à cada marcador seja o mesmo, é necessário resconstruir os grupos para o novo conjunto de dados, uma vez que o objeto onemap é recuperado nas etapas adiante.
seq_new <- mapa2 <- list()
for (i in 1:14){
seq_new[[i]] <- make_seq(rf2points1, mapa1[[i]]$seq.num)
mapa2[[i]] <- map(seq_new[[i]])
}7 Adicionando os marcadores com desvios na segregação com HMM
7.1 LG1
7.1.1 Inserindo os marcadores
comp <- LGs_1[[1]]$seq.num %in% mapa1[[1]]$seq.num
pos <- which(comp == FALSE)
trash2 <- LGs_1[[1]]$seq.num[pos]
Exten.LG_1 <- try_seq(mapa2[[1]], 357)
Exten.LG_1
pos <- Exten.LG_1$LOD == 0
pos <- which(pos == TRUE)
Check <- make_seq(Exten.LG_1, pos)
mapa2[[1]]
Check
rf_graph_table(Check, scale = 1.5,
inter = FALSE, axis.cex = 0.75)
LG1_1.exp <- make_seq(Exten.LG_1, pos)
#########
Exten.LG_1 <- try_seq(LG1_1.exp, 359)
Exten.LG_1
pos <- Exten.LG_1$LOD == 0
pos <- which(pos == TRUE)
Check <- make_seq(Exten.LG_1, pos)
LG1_1.exp
Check
rf_graph_table(Check, scale = 1.5,
inter = FALSE, axis.cex = 0.75)
LG1_1.exp <- make_seq(Exten.LG_1, pos)
#########################
Exten.LG_1 <- try_seq(LG1_1.exp, 372)
Exten.LG_1
pos <- Exten.LG_1$LOD == 0
pos <- which(pos == TRUE)
Check <- make_seq(Exten.LG_1, pos)
LG1_1.exp
Check
rf_graph_table(Check, scale = 1.5,
inter = FALSE, axis.cex = 0.75)
LG1_1.exp <- make_seq(Exten.LG_1, pos)
#########################
Exten.LG_1 <- try_seq(LG1_1.exp, 401)
Exten.LG_1
pos <- Exten.LG_1$LOD == 0
pos <- which(pos == TRUE)
Check <- make_seq(Exten.LG_1, pos)
LG1_1.exp
Check
rf_graph_table(Check, scale = 1.5,
inter = FALSE, axis.cex = 0.75)
LG1_1.exp <- make_seq(Exten.LG_1, pos) 7.1.2 Removendo marcadores duvidosos
Temp <- c(121)
Exc <- LG1_1.exp$seq.num %in% Temp
pos <- which(Exc == TRUE)
LG1.Exc <- LG1_1.exp$seq.num[-pos]
LG1_1 <- make_seq(rf2points1, LG1.Exc)
LG1_1
LG1_1.ord <- order_seq(LG1_1, n.init = 5, THRES = 3,
touchdown = TRUE, draw.try = FALSE)
LG1_1.ord.seq <- make_seq(LG1_1.ord, "force")
rf_graph_table(LG1_1.ord.seq, scale = 1.5,
inter = FALSE, axis.cex = 0.75)
7.1.3 Inserindo novamente os marcadores
Exten.LG_1 <- try_seq(LG1_1.ord.seq, 361)
Exten.LG_1
pos <- Exten.LG_1$LOD == 0
pos <- which(pos == TRUE)
Check <- make_seq(Exten.LG_1, pos)
LG1_1.ord.seq
Check
rf_graph_table(Check, scale = 1.5,
inter = FALSE, axis.cex = 0.75)
LG1_1.exp <- make_seq(Exten.LG_1, pos)
#########################
Exten.LG_1 <- try_seq(LG1_1.exp, 373)
Exten.LG_1
pos <- Exten.LG_1$LOD == 0
pos <- which(pos == TRUE)
Check <- make_seq(Exten.LG_1, pos)
LG1_1.exp
Check
rf_graph_table(Check, scale = 1.5,
inter = FALSE, axis.cex = 0.75)
LG1_1.exp <- make_seq(Exten.LG_1, pos)
save(LG1_1.exp, file = "LG1_trash3.Rdata")Dos novos, com desvio na segregação, não adicionamos apenas o marcador 373. Retiramos o 121.
7.2 LG2
comp <- LGs_1[[2]]$seq.num %in% mapa1[[2]]$seq.num
pos <- which(comp == FALSE)
trash2 <- LGs_1[[2]]$seq.num[pos]
trash2## numeric(0)mapa2[[2]]##
## Printing map:
##
## Markers Position
##
## 2 AA420 0.00
## 219 CC130 10.33
## 81 CA228 11.95
## 258 MgSTS316 19.02
## 36 BA301 49.93
## 186 BC167 59.95
## 41 BA172 67.64
## 99 CB280 69.47
## 264 MgSTS49 74.82
## 274 MgSTS106 75.72
## 297 MgSTS457 80.34
## 128 BD175 84.66
## 276 MgSTS56 89.32
## 317 MgSTS589 90.06
## 299 MgSTS513 102.72
## 331 MgSTS565 104.32
## 218 CC132 110.10
## 134 BD99 116.71
## 189 BC126 116.72
## 77 CA279 145.88
##
## 20 markers log-likelihood: -1844.506mapa1[[2]]##
## Printing map:
##
## Markers Position
##
## 2 AA420 0.00
## 219 CC130 10.17
## 81 CA228 10.38
## 258 MgSTS316 17.84
## 36 BA301 51.03
## 186 BC167 61.35
## 41 BA172 69.30
## 99 CB280 69.51
## 264 MgSTS49 75.55
## 274 MgSTS106 76.46
## 297 MgSTS457 81.07
## 128 BD175 85.73
## 276 MgSTS56 90.23
## 317 MgSTS589 90.94
## 299 MgSTS513 103.51
## 331 MgSTS565 105.09
## 218 CC132 110.98
## 134 BD99 117.64
## 189 BC126 117.81
## 77 CA279 147.96
##
## 20 markers log-likelihood: -1845.185LG2_1.exp <- mapa2[[2]]
save(LG2_1.exp, file = "LG2_trash3.Rdata")No grupo 2 não foram adicionados marcadores com desvios na segregação
Pequeno detalhe: houve alteração no tamanho e na verossimilhança do mapa, provavelmente devido ao maior número de marcadores no data.
7.3 LG3
7.3.1 Inserindo os marcadores
comp <- LGs_1[[3]]$seq.num %in% mapa1[[3]]$seq.num
pos <- which(comp == FALSE)
trash2 <- LGs_1[[3]]$seq.num[pos]
trash2## [1] 414LG3_1.exp <- mapa2[[3]]
save(LG3_1.exp, file = "LG3_trash3.Rdata")Não foram adicionados marcadores com desvio neste grupo.
7.4 LG4
7.4.1 Inserindo marcadores
comp <- LGs_1[[4]]$seq.num %in% mapa1[[4]]$seq.num
pos <- which(comp == FALSE)
trash2 <- LGs_1[[4]]$seq.num[pos]
trash2## [1] 377LG4_trash3 <- mapa2[[4]]
save(LG4_trash3, file = "LG4_trash3.Rdata")7.5 LG5
7.5.1 Inserindo marcadores
comp <- LGs_1[[5]]$seq.num %in% mapa1[[5]]$seq.num
pos <- which(comp == FALSE)
trash2 <- LGs_1[[5]]$seq.num[pos]
trash2## [1] 365 366 369 371 381 394Exten.LG_5 <- try_seq(mapa2[[5]], 381)
Exten.LG_5
pos <- Exten.LG_5$LOD == 0
pos <- which(pos == TRUE)
Check <- make_seq(Exten.LG_5, pos)
mapa2[[5]]
Check
rf_graph_table(Check, scale = 1.5,
inter = FALSE, axis.cex = 0.75)
LG5_1.exp <- make_seq(Exten.LG_5, pos)
#######
Exten.LG_5 <- try_seq(LG5_1.exp, 394)
Exten.LG_5
pos <- Exten.LG_5$LOD == 0
pos <- which(pos == TRUE)
Check <- make_seq(Exten.LG_5, pos)
LG5_1.exp
Check
rf_graph_table(Check, scale = 1.5,
inter = FALSE, axis.cex = 0.75)
LG5_1.exp <- make_seq(Exten.LG_5, pos)
save(LG5_1.exp, file = "LG5_trash3.Rdata")7.6 LG6
comp <- LGs_1[[6]]$seq.num %in% mapa1[[6]]$seq.num
pos <- which(comp == FALSE)
trash2 <- LGs_1[[6]]$seq.num[pos]
trash2## integer(0)LG6_1.exp <- mapa2[[6]]
save(LG6_1.exp, file = "LG6_trash3.Rdata")7.7 LG7
comp <- LGs_1[[7]]$seq.num %in% mapa1[[7]]$seq.num
pos <- which(comp == FALSE)
trash2 <- LGs_1[[7]]$seq.num[pos]
trash2## numeric(0)LG7_1.exp <- mapa2[[7]]
save(LG7_1.exp, file = "LG7_trash3.Rdata")7.8 LG8
comp <- LGs_1[[8]]$seq.num %in% mapa1[[8]]$seq.num
pos <- which(comp == FALSE)
trash2 <- LGs_1[[8]]$seq.num[pos]
trash2## integer(0)LG8_1.exp <- mapa2[[8]]
save(LG8_1.exp, file = "LG8_trash3.Rdata")7.9 LG9
comp <- LGs_1[[9]]$seq.num %in% mapa1[[9]]$seq.num
pos <- which(comp == FALSE)
trash2 <- LGs_1[[9]]$seq.num[pos]
trash2## numeric(0)LG9_1.exp <- mapa2[[9]]
save(LG9_1.exp, file = "LG9_trash3.Rdata")7.10 LG10
comp <- LGs_1[[10]]$seq.num %in% mapa1[[10]]$seq.num
pos <- which(comp == FALSE)
trash2 <- LGs_1[[10]]$seq.num[pos]
trash2## [1] 395 399 4157.10.1 Inserindo marcadores
Exten.LG_10 <- try_seq(mapa2[[10]], 395)
Exten.LG_10
pos <- Exten.LG_10$LOD == 0
pos <- which(pos == TRUE)
Check <- make_seq(Exten.LG_10, pos)
mapa2[[10]]
Check
rf_graph_table(Check, scale = 1.5,
inter = FALSE, axis.cex = 0.75)
LG10_1.exp <- make_seq(Exten.LG_10, pos)
######
Exten.LG_10 <- try_seq(LG10_1.exp, 399)
Exten.LG_10
pos <- Exten.LG_10$LOD == 0
pos <- which(pos == TRUE)
Check <- make_seq(Exten.LG_10, pos)
LG10_1.exp
Check
rf_graph_table(Check, scale = 1.5,
inter = FALSE, axis.cex = 0.75)
LG10_1.exp <- make_seq(Exten.LG_10, pos)
#######
Exten.LG_10 <- try_seq(LG10_1.exp, 415)
Exten.LG_10
pos <- Exten.LG_10$LOD == 0
pos <- which(pos == TRUE)
Check <- make_seq(Exten.LG_10, pos)
LG10_1.exp
Check
rf_graph_table(Check, scale = 1.5,
inter = FALSE, axis.cex = 0.75)
LG10_1.exp <- make_seq(Exten.LG_10, pos)
save(LG10_1.exp, file = "LG10_trash3.Rdata")Os três marcadores com desvio na segregação que agruparam com o LG10 foram inseridos no mapa
7.11 LG11
comp <- LGs_1[[11]]$seq.num %in% mapa1[[11]]$seq.num
pos <- which(comp == FALSE)
trash2 <- LGs_1[[11]]$seq.num[pos]
trash2## [1] 358 360 363 367 370 380 383 385 386 390 391 392 393 398 403 404 407
## [18] 412 4187.11.1 Reordenamento com order_seq
Como o grupo 11 é um grupo pequeno e foram muitos marcadores com desvios a serem inseridos, resolvemos ordenar exaustivamente com order_seq.
order.LG11_1 <- order_seq(LGs_1[[11]])
seq_LG11_1 <- make_seq(order.LG11_1, "force")
rf_graph_table(seq_LG11_1, scale = 1.5,
inter = FALSE, axis.cex = 0.75)
LG11_1.exp <- seq_LG11_1
save(LG11_1.exp, file = "LG11_trash3.Rdata")7.12 LG12
comp <- LGs_1[[12]]$seq.num %in% mapa1[[12]]$seq.num
pos <- which(comp == FALSE)
trash2 <- LGs_1[[12]]$seq.num[pos]
trash2## [1] 368 375 378 379 4137.12.1 Inserindo marcadores
Exten.LG_12 <- try_seq(mapa2[[12]], 368)
Exten.LG_12
pos <- Exten.LG_12$LOD == 0
pos <- which(pos == TRUE)
Check <- make_seq(Exten.LG_12, pos)
mapa2[[12]]
Check
rf_graph_table(Check, scale = 1.5,
inter = FALSE, axis.cex = 0.75)
LG12_1.exp <- make_seq(Exten.LG_12, pos)
######
Exten.LG_12 <- try_seq(LG12_1.exp, 379)
Exten.LG_12
pos <- Exten.LG_12$LOD == 0
pos <- which(pos == TRUE)
Check <- make_seq(Exten.LG_12, pos)
LG12_1.exp
Check
rf_graph_table(Check, scale = 1.5,
inter = FALSE, axis.cex = 0.75)
LG12_1.exp <- make_seq(Exten.LG_12, pos)
#######
Exten.LG_12 <- try_seq(LG12_1.exp, 413)
Exten.LG_12
pos <- Exten.LG_12$LOD == 0
pos <- which(pos == TRUE)
Check <- make_seq(Exten.LG_12, pos)
LG12_1.exp
Check
rf_graph_table(Check, scale = 1.5,
inter = FALSE, axis.cex = 0.75)
LG12_1.exp <- make_seq(Exten.LG_12, pos) 7.12.2 Removendo marcadores duvidosos
Temp <- c(40)
Exc <- LG12_1.exp$seq.num %in% Temp
pos <- which(Exc == TRUE)
LG12.Exc <- LG12_1.exp$seq.num[-pos]
LG12 <- make_seq(rf2points1, LG12.Exc)
LG12
LG12.ord <- order_seq(LG12, n.init = 5, THRES = 3,
touchdown = TRUE, draw.try = FALSE)
LG12.ord.seq <- make_seq(LG12.ord, "force")
rf_graph_table(LG12.ord.seq, scale = 1.5,
inter = FALSE, axis.cex = 0.75)
LG12_1.exp
LG12.ord.seq
save(LG12.ord.seq, file = "LG12_trash3.Rdata")7.13 LG13
comp <- LGs_1[[13]]$seq.num %in% mapa1[[13]]$seq.num
pos <- which(comp == FALSE)
trash2 <- LGs_1[[13]]$seq.num[pos]
trash2## integer(0)LG13.exp <- mapa2[[13]]
save(LG13.exp, file = "LG13_trash3.Rdata")7.14 LG14
comp <- LGs_1[[14]]$seq.num %in% mapa1[[14]]$seq.num
pos <- which(comp == FALSE)
trash2 <- LGs_1[[14]]$seq.num[pos]
trash2## [1] 364 376 382 384 387 388 389 396 397 400 402 405 406 408 409 410 411
## [18] 416 4177.14.1 Reordenando com order_seq
order.LG14_1 <- order_seq(LGs_1[[14]])
seq_LG14_1 <- make_seq(order.LG14_1, "force")
rf_graph_table(seq_LG14_1, scale = 1.5,
inter = FALSE, axis.cex = 0.75)
7.14.2 Removendo marcadores duvidosos
Temp <- c(389, 20, 117, 123, 223)
Exc <- seq_LG14_1$seq.num %in% Temp
pos <- which(Exc == TRUE)
LG14.Exc <- seq_LG14_1$seq.num[-pos]
LG14 <- make_seq(rf2points1, LG14.Exc)
LG14
LG14.ord <- order_seq(LG14, n.init = 5, THRES = 3,
touchdown = TRUE, draw.try = FALSE)
LG14.ord.seq <- make_seq(LG14.ord, "force")
rf_graph_table(LG14.ord.seq, scale = 1.5,
inter = FALSE, axis.cex = 0.75)
LG14_1.exp <- LG14.ord.seq
save(LG14_1.exp, file = "LG14_trash3.Rdata")8 Novo mapa
mapa <- list()
load(file = "LG1_trash3.Rdata")
mapa[[1]] <- LG1_1.exp
load(file = "LG2_trash3.Rdata")
mapa[[2]] <- LG2_1.exp
load(file = "LG3_trash3.Rdata")
mapa[[3]] <- LG3_1.exp
load(file = "LG4_trash3.Rdata")
mapa[[4]] <- LG4_trash3
load(file = "LG5_trash3.Rdata")
mapa[[5]] <- LG5_1.exp
load(file = "LG6_trash3.Rdata")
mapa[[6]] <- LG6_1.exp
load(file = "LG7_trash3.Rdata")
mapa[[7]] <- LG7_1.exp
load(file = "LG8_trash3.Rdata")
mapa[[8]] <- LG8_1.exp
load(file = "LG9_trash3.Rdata")
mapa[[9]] <- LG9_1.exp
load(file = "LG10_trash3.Rdata")
mapa[[10]] <- LG10_1.exp
load(file = "LG11_trash3.Rdata")
mapa[[11]] <- LG11_1.exp
load(file = "LG12_trash3.Rdata")
mapa[[12]] <- LG12.ord.seq
load(file = "LG13_trash3.Rdata")
mapa[[13]] <- LG13.exp
load(file = "LG14_trash3.Rdata")
mapa[[14]] <- LG14_1.exp
save(mapa, file = "mapa.Rdata")9 Função Kosambi para obter distância em cM
cM <- list()
for (i in 1:14){
cM[[i]] <- kosambi(mapa[[i]]$seq.rf)
}10 Preparando arquivo para desenho do mapa no MapChart
map_chart <- data.frame()
for (i in 1:14){
map_chart_names <- c(paste("GROUP",i), colnames(data$geno)[mapa[[i]]$seq.num])
map_chart_dist <- cbind(map_chart_names, c("", 0, cumsum(cM[[i]])))
map_chart <- rbind(map_chart, map_chart_dist)
}
write.table(map_chart, file = "mapchart_file.txt", quote = FALSE, row.names = FALSE, col.names = FALSE)11 Total de marcadores no mapa
tot <- vector()
for(i in 1:14)
tot <- c(tot, mapa[[i]]$seq.num)
save(data, rf2points1, mapa, file = "mapa_datas.RData")
length(tot)## [1] 346