Avaliação individual do grupo 6 formado a partir dos marcadores contidos neste arquivo. Para mais informações acesse a página principal.
load("LGs_force_HMM_Markers_First_Check.RData")
load("LGs_safe_HMM_Markers_First_Check.RData")
library(onemap)
data1 <- read_mapmaker(file = "data_with_head.raw")
LOD <- suggest_lod(data1)
rf2points <- rf_2pts(data1, LOD = LOD, max.rf = 0.5)
Desde já podemos comparar os grupos formados com o mapa já publicado, para sabermos a correspondência entre ambos. Para facilitar, fizemos esta tabela com os nomes dos marcadores que compoem o mapa publicado, sendo que cada coluna da tabela corresponde à um grupo de ligação.
ref <- read.csv(file = "LG.csv", stringsAsFactors = FALSE)
names <- colnames(data1$geno)[LGs.HMM.force[[6]]$seq.num]
comp <- pos <- lgs <- pos2 <- num_lgs <- list()
for (i in 1:length(ref)){
comp[[i]] <- ref[[i]] %in% names
pos[[i]] <- which(comp[[i]] == TRUE)
lgs[[i]] <- ref[[i]][pos[[i]]]
pos2[[i]] <- names %in% lgs[[i]]
num_lgs[[i]] <- LGs.HMM.force[[1]]$seq.num[pos2[[i]]]
}
comp
Para este grupo foi verificada certa correspondência com o grupo de ligação 6 do mapa anterior, já que grande parte dos marcadores estavam nesse grupo. Vale ressaltar que não foram encontrados os marcadores desse grupo em outros grupos de ligação da outra publicação.
# Identificando marcadores presentes no "force" e ausentes no "safe" de HMM
comp_unsafe <- LGs.HMM.force[[6]]$seq.num %in% LGs.HMM.safe[[6]]$seq.num
pos_unsafe <- which(comp_unsafe == FALSE)
unsafe <- LGs.HMM.force[[6]]$seq.num[pos_unsafe]
unsafe
#O safe também não retirou nenhum dos marcadores. Dessa maneira, ele foi mantido desta maneira para análises posteriores.
#Fazendo o gráfico para este grupo analisado
LG6.ord.seq <- LGs.HMM.force[[6]]
rf_graph_table(LG6.ord.seq, scale = 2.2, main = paste("LG", 6, "- HMM"), inter = FALSE)
Conforme heatmap gerado pela cadeia de markov e as sugestões do comando “safe”, removemos alguns marcadores duvidosos do mapa na intenção de aprimorar o ordenamento.
Temp <- c(6, 190, 271, 136, 220, 37, 181, 160)
colnames(data1$geno)[Temp]
Exc <- LGs.HMM.force[[6]]$seq.num %in% Temp
pos <- which(Exc == TRUE)
LG6.Exc <- LGs.HMM.force[[6]]$seq.num[-pos]
length(LG6.Exc)
LG6 <- make_seq(rf2points, LG6.Exc)
LG6
LG6.ord <- order_seq(LG6, n.init = 5, THRES = 3,
touchdown = TRUE, draw.try = FALSE)
LG6.ord.seq <- make_seq(LG6.ord, "force")
rf_graph_table(LG6.ord.seq, scale = 2.2, main = paste("LG", 6, "- HMM"),
inter = FALSE)
save(LG6.ord.seq, file = "LG6.Rdata")