Avaliação individual do grupo 4 formado a partir dos marcadores contidos neste arquivo. Para mais informações acesse a página principal.
load("LGs_force_HMM_Markers_First_Check.RData")
load("LGs_safe_HMM_Markers_First_Check.RData")
library(onemap)
data1 <- read_mapmaker(file = "data_with_head.raw")
LOD <- suggest_lod(data1)
rf2points <- rf_2pts(data1, LOD = LOD, max.rf = 0.5)
#Marcadores presentes no "force" e ausentes no "safe" de HMM
comp_unsafe <- LGs.HMM.force[[4]]$seq.num %in% LGs.HMM.safe[[4]]$seq.num
pos_unsafe <- which(comp_unsafe == FALSE)
unsafe <- LGs.HMM.force[[4]]$seq.num[pos_unsafe]
unsafe
## [1] 116 256 179 254 74 183 70 185 23 39 169
rf_graph_table(LGs.HMM.force[[4]], scale = 2.2,
inter = FALSE)
Desde já podemos comparar os grupos formados com o mapa já publicado, para sabermos a correspondência entre ambos. Para facilitar, fizemos esta tabela com os nomes dos marcadores que compoem o mapa publicado, sendo que cada coluna da tabela corresponde à um grupo de ligação.
ref <- read.csv(file = "LG.csv", stringsAsFactors = FALSE)
names4 <- colnames(data1$geno)[LGs.HMM.force[[4]]$seq.num]
comp <- pos <- lgs <- pos2 <- num_lgs <- list()
for (i in 1:length(ref)){
comp[[i]] <- ref[[i]] %in% names4
pos[[i]] <- which(comp[[i]] == TRUE)
lgs[[i]] <- ref[[i]][pos[[i]]]
pos2[[i]] <- names4 %in% lgs[[i]]
num_lgs[[i]] <- LGs.HMM.force[[4]]$seq.num[pos2[[i]]]
}
# Todos no grupo 4 do mapa antigo
comp
## [[1]]
## [1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
## [12] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
##
## [[2]]
## [1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
## [12] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
##
## [[3]]
## [1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
## [12] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
##
## [[4]]
## [1] TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE TRUE TRUE FALSE
## [12] TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE TRUE
##
## [[5]]
## [1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
## [12] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
##
## [[6]]
## [1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
## [12] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
##
## [[7]]
## [1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
## [12] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
##
## [[8]]
## [1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
## [12] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
##
## [[9]]
## [1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
## [12] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
##
## [[10]]
## [1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
## [12] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
##
## [[11]]
## [1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
## [12] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
##
## [[12]]
## [1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
## [12] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
##
## [[13]]
## [1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
## [12] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
##
## [[14]]
## [1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
## [12] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
Conforme heatmap gerado pela cadeia de markov e as sugestões do comando “safe”, removemos alguns marcadores duvidosos do mapa na intenção de aprimorar o ordenamento.
Temp <- c(133, 70, 116, 4, 125, 23, 183, 124)
Exc <- LGs.HMM.force[[4]]$seq.num %in% Temp
pos <- which(Exc == TRUE)
LG4.Exc <- LGs.HMM.force[[4]]$seq.num[-pos]
LG4 <- make_seq(rf2points, LG4.Exc)
LG4.ord <- order_seq(LG4, n.init = 5, THRES = 3,
touchdown = TRUE, draw.try = FALSE)
LG4.ord.seq <- make_seq(LG4.ord, "force")
rf_graph_table(LG4.ord.seq, scale = 1.5, main = paste("LG", 4, "- HMM"),
inter = FALSE, axis.cex = 0.75)
Temp
Exten.LG4 <- try_seq(LG4.ord.seq, 183)
Exten.LG4
pos <- Exten.LG4$LOD == 0
pos <- which(pos == TRUE)
Check <- make_seq(Exten.LG4, pos)
LG4.ord.seq
Check
c(LG4.ord.seq$seq.like, Check$seq.like)
rf_graph_table(Check, scale = 1.5, main = paste("LG", 4, "- HMM"),
inter = FALSE, axis.cex = 0.75)
LG4.exp <- make_seq(Exten.LG4, pos)
################
Temp
Exten.LG4 <- try_seq(LG4.exp, 124)
Exten.LG4
pos <- Exten.LG4$LOD == 0
pos <- which(pos == TRUE)
Check <- make_seq(Exten.LG4, pos)
LG4.exp
Check
c(LG4.ord.seq$seq.like, Check$seq.like)
LG4 <- Check
rf_graph_table(Check, scale = 2.2,
inter = FALSE)
save(LG4, file = "LG4.Rdata")
##Sobraram:
comp <- LGs.HMM.force[[4]]$seq.num %in% LG4$seq.num
pos <- which(comp == FALSE)
trash.LG4 <- LGs.HMM.force[[4]]$seq.num[pos]
trash.LG4
## [1] 116 4 125 133 70 23
Ao serem inseridos no mapa, esses marcadores aumentavam o tamanho, diminuiam a verossimilhança e fugiam do padrão esperado no heatmap.