Mapa Mimulus - LG14

Avaliação individual do grupo 14 formado a partir dos marcadores contidos neste arquivo. Para mais informações acesse a página principal.

1 Carregando dados gerados na pagina principal

load("LGs_force_HMM_Markers_First_Check.RData")
load("LGs_safe_HMM_Markers_First_Check.RData")


library(onemap)
data1 <- read_mapmaker(file = "data_with_head.raw")
LOD <- suggest_lod(data1)
rf2points <- rf_2pts(data1, LOD = LOD, max.rf = 0.5)

2 Breve comparação com o mapa publicado

Desde já podemos comparar os grupos formados com o mapa já publicado, para sabermos a correspondência entre ambos. Para facilitar, fizemos esta tabela com os nomes dos marcadores que compoem o mapa publicado, sendo que cada coluna da tabela corresponde à um grupo de ligação.

ref <- read.csv(file = "LG.csv", stringsAsFactors = FALSE)
names <- colnames(data1$geno)[LGs.HMM.force[[14]]$seq.num]

comp <- pos <- lgs <- pos2 <- num_lgs <- list()
for (i in 1:length(ref)){
  comp[[i]] <- ref[[i]] %in% names
  pos[[i]] <- which(comp[[i]] == TRUE)
  lgs[[i]] <- ref[[i]][pos[[i]]]
  pos2[[i]] <- names %in% lgs[[i]]
  num_lgs[[i]] <- LGs.HMM.force[[1]]$seq.num[pos2[[i]]]
}

comp

3 Comparando “safe” e “force”

Para este grupo, a decisão tomada foi mantê-lo sem modificações nos marcadores que o compunham. Parte da decisão foi tomada porque além de dois marcadores estarem presentes no outro mapa, as frações de recombinações entre os marcadores são pequenas.

Com as informações da tabela sabemos que o grupo 14 formado possui dois marcadores que estavam presentes no grupo 14 do mapa publicado.

# Identificando marcadores presentes no "force" e ausentes no "safe" de HMM
comp_unsafe <- LGs.HMM.force[[14]]$seq.num %in% LGs.HMM.safe[[14]]$seq.num
pos_unsafe <- which(comp_unsafe == FALSE)
unsafe <- LGs.HMM.force[[14]]$seq.num[pos_unsafe]
unsafe 

#O safe também não retirou nenhum dos marcadores. Dessa maneira, ele foi desta maneira para análises posteriores.

#Fazendo o gráfico para este grupo analisado
LG14.ord.seq <- LGs.HMM.force[[14]]

rf_graph_table(LG14.ord.seq, scale = 2.2, main = paste("LG", 14, "- HMM"), inter = FALSE)

save(LG14.ord.seq, file = "LG14.Rdata")