Mapa Mimulus - LG1

Avaliação individual do grupo 1 formado a partir dos marcadores contidos neste arquivo. Para mais informações acesse a página principal.

1 Carregando dados gerados na pagina principal

load("LGs_force_HMM_Markers_First_Check.RData")
load("LGs_safe_HMM_Markers_First_Check.RData")


library(onemap)
data1 <- read_mapmaker(file = "data_with_head.raw")
LOD <- suggest_lod(data1)
rf2points <- rf_2pts(data1, LOD = LOD, max.rf = 0.5)

2 Breve comparação com o mapa publicado

Desde já podemos comparar os grupos formados com o mapa já publicado, para sabermos a correspondência entre ambos. Para facilitar, fizemos esta tabela com os nomes dos marcadores que compoem o mapa publicado, sendo que cada coluna da tabela corresponde à um grupo de ligação.

ref <- read.csv(file = "LG.csv", stringsAsFactors = FALSE)
names <- colnames(data1$geno)[LGs.HMM.force[[1]]$seq.num]

comp <- pos <- lgs <- pos2 <- num_lgs <- list()
for (i in 1:length(ref)){
  comp[[i]] <- ref[[i]] %in% names
  pos[[i]] <- which(comp[[i]] == TRUE)
  lgs[[i]] <- ref[[i]][pos[[i]]]
  pos2[[i]] <- names %in% lgs[[i]]
  num_lgs[[i]] <- LGs.HMM.force[[1]]$seq.num[pos2[[i]]]
}

comp

3 Comparando “safe” e “force”

Com as informações da tabela sabemos que o grupo 1 formado tem marcadores que estavam presentes no grupo 1 do mapa publicado.

# Identificando marcadores presentes no "force" e ausentes no "safe" de HMM
comp_unsafe <- LGs.HMM.force[[1]]$seq.num %in% LGs.HMM.safe[[1]]$seq.num
pos_unsafe <- which(comp_unsafe == FALSE)
unsafe <- LGs.HMM.force[[1]]$seq.num[pos_unsafe]
unsafe 

rf_graph_table(LGs.HMM.force[[1]], scale = 2.2, main = paste("LG", 1, "- HMM"),
               inter = FALSE)

4 Removendo marcadores duvidosos

Conforme heatmap gerado pela cadeia de markov e as sugestões do comando “safe”, removemos alguns marcadores duvidosos do mapa na intenção de aprimorar o ordenamento.

Temp <- c(1, 202)

Exc <- LGs.HMM.force[[1]]$seq.num %in% Temp

pos <- which(Exc == TRUE)

LG1.Exc <- LGs.HMM.force[[1]]$seq.num[-pos]

length(LG1.Exc)

LG1 <- make_seq(rf2points, LG1.Exc)

LG1

LG1.ord <- order_seq(LG1, n.init = 5, THRES = 3,
                     touchdown = FALSE, draw.try = FALSE)


LG1.ord.seq <- make_seq(LG1.ord, "force")

rf_graph_table(LG1.ord.seq, scale = 2.2, main = paste("LG", 1, "- HMM"),
               inter = FALSE)

5 Inserindo novamente os marcadores

data1$segr.type[202]

Exten.LG1 <- try_seq(LG1.ord.seq, 202)

Exten.LG1

pos <- Exten.LG1$LOD == 0

pos <- which(pos == TRUE)

Check <- make_seq(Exten.LG1, pos)

LG1.ord.seq
Check

c(LG1.ord.seq$seq.like, Check$seq.like) 

rf_graph_table(Check, scale = 1.5, main = paste("LG", 1, "- HMM"),
               inter = FALSE, axis.cex = 0.75)

LG1.exp <- make_seq(Exten.LG1, pos) 

# O marcador 1  foi excluído do mapa, modificou muito o tamanho total do mapa, a verossimilhança e 
# o padrão do heatmap

LG1 <- LG1.exp

# Heatmap da versão final nesta etapa
rf_graph_table(LG1, scale = 1.5, main = paste("LG", 1, "- HMM"),
               inter = FALSE, axis.cex = 0.75)

save(LG1, file = "LG1.Rdata")